Cecilia Franke komponerar musik som huvudsakligen kan placeras inom området nutida konstmusik. Hon skriver både sakral musik (vokal och instrumental) och profan musik (kammarmusik och orkesterverk).
Hennes kammarmusik och orkestermusik är ofta inspirerad av olika företeelser i naturen, egenskaper och fenomen. Några exempel är molnformationer (verket Cloud Street, två barytonsaxofoner, 2018–2019), vågrörelser i havet (Unda maris, symfoniorkester, 2008–2009), meandrande flod (Meandrar, violin och piano, 2004–2005) och geometrisk optik (Infall och reflektioner, piano, 2000). Dessa företeelser får ofta inverka på kompositionens storform och ibland finns påverkan även ned på detaljnivå.
En påverkan på detaljnivå finns också i Krabbasnår, som är en konsert för två solovioliner och orkester (2020–2021). Inspirationen, liksom titeln Krabbasnår, har här hämtats från textilkonstens område. Den textila termen krabbasnår står för en mönsterteknik inom vävning, en teknik som användes av allmogen i gångna tider. De geometriska mönster som karakteriserar kuddar och dynor vävda i krabbasnår har i konserten fått musikalisk gestalt och återspeglas i främst soloviolinernas stämväv.
En del av Cecilia Frankes skapande utgörs av sakrala verk. I verket Palimpsest (cello och orgel, 2006) ligger ett medeltida pergamentblad med några gregorianska tonslingor från hymnen Robur Dei fortissime till grund för kompositionens syntes av gammalt och nytt tonspråk. Ibland har det kristna symbolspråket inspirerat till utformning av de sakrala verken. I vokalmusiken läggs stor vikt vid att text och musik går hand i hand.
"Titeln på ett verk har alltid varit viktig för mig; när jag har hittat en bra titel har verket fått en identitet. Med identitet menar jag då inte bara ett sätt att hitta — identifiera — verket bland andra verk i till exempel en skriven verklista, utan det innebär mycket mera: verkets innehåll och karaktär tar på en gång gestalt."
(Ur verkkommentar till Unda maris, Malmö Symfoniorkester.)